Não conheço nenhum simulador do Arduino que seja tão prático como a própria board do Arduino. Todos os que experimentei são demasiado técnicos ou então “confusos”.. fica aqui mais uma referência a um deles.. o Simulink, Este simulador permite brincar “virtualmente” com  o Arduino, o LEGO MINDSTORMS NXT e com o Raspberry Pi, entre outros. Infelizmente é pago e é da categoria dos confusos!

+infos: http://www.mathworks.com/products/simulink/

+infos(pack arduino): http://www.mathworks.com/hardware-support/arduino-simulink.html